Kurumlar Vergisi Kanunu'nun 5/1-e maddesinde kurumların en az iki tam yıl süreyle aktiflerinde yer alan taşınmazlar ve iştirak hisseleri ile aynı süreyle sahip oldukları kurucu senetleri, intifa senetleri ve rüçhan haklarının satışından doğan kazançların %75'lik kısmının anılan maddede sayılan şartlar dahilinde kurumlar vergisinden istisna olduğu, menkul kıymet veya taşınmaz ticareti ve kiralanmasıyla uğraşan kurumların ise bu amaçla ellerinde bulundurdukları değerlerin satışından elde ettikleri kazançların istisna kapsamı dışında bulunduğu belirtilmiştir.
Vergi istisnasına konu olan taşınmazlar Türk Medeni Kanununda “Taşınmaz” olarak tanımlanan ve esas niteliği bakımından bir yerden başka bir yere taşınması mümkün olmayan dolayısıyla yerinde sabit olan malları ifade etmektedir.
Bunlar Türk Medeni Kanunu'nun 704. maddesinde;
a) Arazi,
b) Tapu siciline ayrı sayfaya kaydedilen bağımsız ve sürekli haklar,
c) Kat mülkiyeti kütüğüne kayıtlı bağımsız bölümler olarak sayılmıştır.
Elden çıkarılacak taşınmazlardan doğacak kazancın istisna uygulamasına konu olabilmesi için taşınmazın Türk Medeni Kanunu'nun 705. maddesi gereğince kurum adına tapuya tescil edilmiş olması gerekmektedir. Bu nedenle ilgili kurum adına tapuya tescili yapılmamış bir binanın satışından doğan kazanca istisna uygulanamamaktadır.
Fiiliyatta cins tashihinin kurum adına tapuya tescilinin yapılmasında çeşitli nedenlerle gecikmeler olabilmektedir. Bu gibi durumlarda taşınmazın işletme aktifinde iki yıl süreyle bulunup bulunmadığının tespitinde işletmede iki yıldan fazla süreyle sahip olunarak fiilen kullanıldığının, yapı inşaatı ruhsatı, vergi dairesi tespiti veya resmi kurum kayıtlarından birisi ile tevsik edilebilmesi mümkündür.
İstisna uygulamasına konu olacak taşınmazlar ve iştirak hisseleri ile kurucu senetleri, intifa senetleri ve rüçhan haklarının en az iki tam yıl (730 gün) süreyle kurumun aktifinde yer alması, diğer bir ifadeyle kurumun bu değerlere iki tam yıl süreyle bilfiil sahip olması gerekmektedir.
Kurumlar tarafından, inşaatı henüz tamamlanmayan, fiilen kullanma imkanı da bulunmayan binaların satılması halinde; kurum aktifinde iki tam yıl kayıtlı olması koşuluyla, sadece binanın arsasının satış kazancına tekabül eden kısmı kurumlar vergisinden istisna bulunmaktadır. Ancak arsa üzerinde inşa edilen ve aktife kaydedilen binanın kurum adına tapuya tescil edilerek satılması halinde, satılan binanın iki yıllık aktifte bulundurulma süresinin başlangıç tarihi olarak inşaatın tamamlandığı ve bina olarak kullanılmaya başlandığı tarih esas alınacaktır.
Taşınmaz satışlarında istisna uygulaması esas itibarıyla bütün kurumlar için geçerlidir. Ancak faaliyet konusu menkul kıymet veya taşınmaz ticareti ve kiralanması olan kurumların bu amaçla iktisap ettikleri ve ellerinde tuttukları kıymetlerin satışından elde ettikleri kazançlar için istisnadan yararlanmaları mümkün bulunmamaktadır. Bununla birlikte taşınmaz ticareti ile uğraşan mükelleflerin faaliyetlerinin yürütülmesine tahsis ettikleri taşınmazların satışından elde ettikleri kazançlara istisna uygulanabilmekte, taşınmaz ticaretine konu edilen veya kiralama ya da başka surette değerlendirilen taşınmazların satış kazancı ise istisnaya konu edilememektedir.
Örneğin, bir inşaat şirketinin şirket merkezi olarak kullanılmak üzere inşa etmiş olduğu bir binayı en az iki tam yıl süre ile kullandıktan sonra satması halinde bu satıştan doğan kazanç için istisna uygulanabilecekken, şirketin satmak amacıyla inşa etmiş olduğu veya satın aldığı binaların satışından elde ettiği kazançlar için söz konusu istisna uygulanamayacaktır.
Taşınmazlar ve iştirak hisseleri ile kurucu senetleri, intifa senetleri ve rüçhan haklarının satışında kazanç, satış işlemi ile birlikte doğacağından, satış işlemi ister peşin isterse vadeli olarak yapılmış olsun istisna, satışın yapıldığı dönemde uygulanacaktır.
Anılan kıymetlerin satışından elde edilecek kazancın istisnadan yararlanan kısmının şirket bilançosunun pasifinde özel bir fon hesabına kaydedilmesi ve satışın yapıldığı yılı izleyen beşinci yılın sonuna kadar söz konusu fon hesabında tutulması istisna uygulamasında yasal zorunluluktur. Bu çerçevede, fon hesabına alınma işleminin satışın yapıldığı yılı izleyen hesap döneminin başından itibaren kazancın beyan edildiği döneme ait kurumlar vergisi beyannamesinin verildiği tarihe kadar yapılması gerekmektedir. İstisna uygulamasında mükelleflerin kazancın belli bir kısmı için istisnadan yararlanabilmeleri mümkün bulunmaktadır. İstisnadan kısmen yararlanılması halinde, yararlanılmayan bu kazanç tutarı için sonraki yıllarda istisnadan yararlanılabilmesi mümkün değildir.
Şirket aktifine kayıtlı taşınmaz satışlarında KDV istisnası ise Katma Değer Vergisi Kanununun 17/4-r maddesinde düzenlenmiştir. Anılan madde hükmünde;
a)Kurumların aktifinde veya belediyeler ile il özel idarelerin mülkiyetinde, en az iki tam yıl süreyle bulunan iştirak hisseleri ile taşınmazların satışı suretiyle gerçekleşen devir ve teslimler ile bankalara borçlu olanların ve kefillerinin borçlarına karşılık taşınmaz ve iştirak hisselerinin (müzayede mahallerinde yapılan satışlar dahil) bankalara devir ve teslimlerinin vergiden istisna olduğu,
b) İstisna kapsamındaki kıymetlerin ticaretini yapan kurumların, bu amaçla aktiflerinde bulundurdukları taşınmaz ve iştirak hisselerinin teslimlerinin istisna kapsamı dışında olduğu,
c) İstisna kapsamında teslim edilen kıymetlerin iktisabında yüklenilen ve teslimin yapıldığı döneme kadar indirim yoluyla giderilemeyen KDV nin teslimin yapıldığı hesap dönemine ilişkin gelir ve kurumlar vergisi matrahının tespitinde gider olarak dikkate alınacağı belirtilmiştir.